مرکز پژوهش‌های مجلس:هدف اصلی رژیم صهیونیستی از ترور شهید فخری‌زاده ایجاد هراس در افراد و پژوهشگران فعال کشور است
مرکز پژوهش‌های مجلس طی گزارشی اعلام کرد که هدف اصلی رژیم صهیونیستی از ترور شهید فخری‌زاده این بود که در بٌعد داخلی با ایجاد هراس در افراد و پژوهشگران فعال مانع از پیگیری مسیر ایشان در زمینه‌های دفاعی شده و از توسعه برنامه‌های پیشرفت هسته‌ای و دفاعی جلوگیری شود. 
به گزارش راهبرد معاصر دفتر مطالعات سیاسی مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی در گزارشی با عنوان «ارزیابی ترور شهید فخری‌زاده و واکنش مطلوب جمهوری اسلامی ایران در برابر آن» آورده است:
اقدامات خصمانه آمریکا و رژیم صهیونیستی و فعالیت‌ها و حملات تروریستی آنها علیه جمهوری اسلامی ایران به‌ویژه ترور فرماندهان نظامی، دانشمندان هسته‌ای و موشکی در طول سال‌های اخیر تداوم و افزایش یافته و از این طریق دشمنان سعی در مهار ایران و تضعیف توان دفاعی و امنیتی و مؤلفه‌های قدرت آن دارند. در تداوم این اقدامات تروریستی، عصر هفتم آذرماه ۱۳۹۹، دکتر محسن فخری‌زاده رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح در اثر حمله تروریستی به شهادت رسیدند. در این خصوص ضمن اینکه باید پاسخی فوری، متناسب، قاطع و بازدارنده داده شود باید خلأهای شکل‌گیری چنین اتفاقی شناسایی و رفع شوند تا از این پس شاهد چنین حملاتی در کشور نباشیم.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس می‌افزاید: ترور شهید فخری‌زاده فرصت مهم در اختیار جمهوری اسلامی ایران قرار داده است تا با واکنش متقابل و قاطع، درک اشتباه راهبردی و خطرناک آمریکا و رژیم صهیونیستی از اراده و قابلیت‌های ایران را تغییر بدهد.
در واقع، تهدیدهای شکل گرفته علیه ایران در سال‌های اخیر هنگامی از بین خواهند رفت که تبدیل به فرصت شوند و آمریکا در محاسبه هزینه - فایده چاره‌ای جز تغییر مسیر نسبت به گذشته نداشته باشد. بنابراین، آنچه درحال حاضر بیش از هر چیز ضرورت دارد، احیای بازدارندگی در برابر تهدیدهای نظامی و اقدامات خرابکارانه واشنگتن و تل‌آویو است.
هدف اصلی رژیم صهیونیستی از ترور شهید فخری‌زاده این بود که در بٌعد داخلی با ایجاد هراس در افراد و پژوهشگران فعال مانع از پیگیری مسیر ایشان در زمینه‌های دفاعی شده و از توسعه برنامه‌های پیشرفت هسته‌ای و دفاعی جلوگیری شود.
فارس