در دفترچه راهنمای ثبت نام و شرکت در آزمون ورودی دوره‌های کارشناسی ارشد ناپیوسته سال نودوهشت، سهمیه‌ها و تسهیلات در سه بخش مجزا دسته بندی شده اند.

یک) سهمیه رزمندگان و ایثارگران دو) سهمیه برگزیدگان علمی دوره کارشناسی دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی و سه) امتیاز حافظان کل قرآن مجید

بخش اول شامل رزمندگان، جهادگران بسیجی، جانبازان تا بیست و پنج درصد و بالاتر از آن، آزادگان و همسر و فرزندان آنان، همسر و فرزندان رزمندگان با حداقل شش ماه حضور در جبهه و همچنین همسر و فرزندان شهدا و مفقود الاثر می‌باشد.

بخش دوم شامل برگزیدگان المپیاد‌های علمی، جشنواره‌های خوارزمی، ابن سینا، فارابی و ... یا همان استعداد‌های درخشان می‌شود.

بخش سوم همانطور که از اسمش پیداست، افرادی را شامل می‌شود که بواسطه‌ی حافظ کل قرآن بودن، به آن‌ها مدرک کارشناسی اعطا شده است.

در همین رابطه جمعی از داوطلبان در اعتراض به نحوه اختصاص سهمیه در آزمون ارشد 98 در نامه ای به وزیر علوم خواستار اصلاح نواقص موجود شدند.

در بخشی از این نامه آمده است:

با توجه به اعلام نتایج نهایی کنکور کارشناسی ارشد نودوهشت و اختلاف غیر قابل پیش بینی محل قبولی داوطلبان امسال در مقایسه با محل قبولی رتبه‌های مشابه در سنوات گذشته با وجود عدم تغییر محسوس ظرفیت‌های اعلام شده نسبت به سنوات قبل، این شائبه به وجود آمده که ظرفیت‌های اولیه اعلام شده هنگام انتخاب رشته، بعد از انتخاب رشته کاهش یافته اند. شایان ذکر است این اختلاف فاحش محل قبولی به حدی است که نتیجه نهایی برخی رتبه‌های دو رقمی نیز مردود اعلام شده که این موضوع باعث سردرگمی داوطلبان و از دست دادن انگیزه ادامه تحصیل در بین بسیاری از دانشجویان شده است. ما امضا کنندگان این نامه از شما وزیر محترم علوم عاجزانه درخواست می‌کنیم بزرگواری نموده و نسب به پیگیری این مهم اقدامات لازم را مبذول فرمائید.

همزمان با افزایش اعتراضات به نتایح کنکور ارشد 98 کاربران فضای مجازی به اینجاد هشتگ «#اعتراض به نتایج ارشد» درباره این موضوع اظهارنظر کردند که در ادامه می‌خوانید: