به گزارش راهبرد معاصر؛ خليل اقايي نمایندهٔ حوزهٔ انتخابیهٔ مشگین‌شهر در دورهٔ ششم مجلس شورای اسلامی بوده‌است. او اکنون سمت معاون وزیر و رئیس سازمان جنگل ها، مراتع و آبخیزداری کشور را دارد که البته گفتنی است در ادامه مبارزه قوه قضاییه با فساد، شب گذشته خليل اقايي رییس سازمان جنگل ها، مراتع و آبخیزداری کشور به اتهام ارتشا بازداشت شد.
مهر سال 1398 خبری مبنی بر تجمع کارکنان سازمان جنگلها مقابل مجلس منتشر شد که باعث ایجاد حواشی گسترده‌ای برای اقايي شد اما دو روز بعد این اتفاق را سازمان مذکور تکذیب نموده و جوابیه ای صادر کرد.
دریدن یقه اقايي در مجلس شورای اسلامی نیز مدتی سوژه رسانه های داخلی بود. که این تصاویر را در زیر مشاهده می کنید.
اما در زمان انتخاب وی به ریاست سازمان جنگل‌های بسیاری از استادان منابع طبیعی طی نامه‌ای از حجتی درخواست کردند از حضور افراد غیرتخصصی و بدون زمینه‌های اجرای و عملی در این حوزه همچون خليل اقايي، در انتخابش بازنگری کند و کس دیگری را به این سمت برگزیند.
دلیل این جمع متخصص و دانشگاهی منابع طبیعی کشور خسارت‌های وارده به منابع طبیعی در اثر این انتخاب بود و در نامه گفته بودند: یقیناً هر فرد فاقد تخصص و تجربه مرتبط با مدیرت منابع طبیعی از جمله جناب مهندس آقایی به دلیل ناآشنایی و عدم تجانس، با مخالفت قاطع امضاکنندگان و بدنه کارشناسی مواجه بوده و باعث افزایش مشکلات این سازمان حساس و حوزه مربوطه خواهند شد.
همچنین بازداشت خلیل آقایی رئیس سازمان جنگلها، مراتع و آبخیزداری را به اتهام ارتشا از سوی دادسرای کارکنان دولت تائید شد.
این اتفاق در حالی افتاد که نارضایتی‌ها از اقايي از پیش و پس از نشستن او بر سکان سازمان متولی جنگل و مرتع کشور بار‌ها از سوی فعالان حوزه منابع طبیعی و دانشگاهیان این حوزه وجود داشت و هشدار داده شده بود.
"عباس سمیعی" مدیرکل روابط عمومی سازمان جنگلها؛ درباره انتشار اخباری مبنی بازداشت خليل اقايي رییس سازمان جنگلها گفت: موضوعی که آقای خليل اقايي در ارتباط با آن فراخوانده شده به سازمان جنگلها ربطی ندارد.