از این شاگرد برجسته علامه طباطبایی آثار متعددی در حوزه‌های علوم اسلامی همانند تفسیر، فلسفه و اخالاق برجای مانده که «آموزش فلسفه»، «اخلاق در قرآن» و «نظریه سیاسی اسلام» از جمله آنها است.
وی دروس حوزوی را از سال 1325 در مدرسه علمیه شفیعیه یزد آغاز کرد و بعد از سپری کردن دوره مقدمات در این شهر، برای ادامه تحصیل به نجف اشرف مهاجرت کرد، اما بعد از شش ماه سکونت، به سبب وضع نابسامان مالی خانواده به یزد بازگشت. آیت‌الله مصباح در کنار دروس رسمی حوزه، برخی از علوم دیگر مانند فیزیک، شیمی، فیزیولوژی و زبان فرانسه را نزد یک روحانی به نام «محقّقی رشتی» آموزش دید.
وی بعد از حضور در قم در محضر آیت‌الله بروجردی و امام خمینی دروس مکاسب، کفایه و شرح منظومه را آموزش دید و بعد از آشنایی با علامه طباطبایی، فلسفه را نزد ایشان آموخت. وی همچنین به مدت ۱۵ سال نیز در دروس آیت‌الله بهجت شرکت کرد. از دیگر اساتید علامه مصباح می‌توان به بزرگانی همچون ، شیخ مرتضی حائری، شیخ عبدالجواد جبل عاملی و آیت الله اراکی اشاره داشت.
وی همزمان به تدریس تفسیر، مباحث اخلاقی و تربیتی در مدرسه علمیه حقانی اقدام کرد و جزو اولین روحانیونی بود که کتاب‌های «فلسفتنا» و «اقتصادنا» شهید سیدمحمدباقر صدر را وارد حوزه علیمه کرده و سال‌های بعد نیز در مؤسسه‌های در راه حق، باقرالعلوم و امام‌خمینی کتبی همچون اسفار اربعه، شفا و... را تدریس می‌کرد.
علامه مصباح از نویسندگان نشریات بعثت و انتقام بود که از آذرماه ۱۳۴۲ش منتشر شدند. نشریه انتقام نیز از دی‌ماه همان سال به عنوان دومین نشریه مخفی دانشجویان حوزه علمیه قم، به وسیله وی منتشر شد و انتشار آن تا ۱۵ مهر ۱۳۴۴ ادامه یافت و ۸ شماره از آن منتشر شد. این نشریات رویکرد سیاسی داشته و به انتقاد از حکومت پهلوی می‌پرداختند.
در اوایل سال۱۳۴۳ش جمعی از علما و مدرسین حوزه علمیه قم، به منظور انسجام بخشیدن به مبارزات سیاسی، گروهی سری به نام "جمعیت یازده نفره" با هدف اصلاح حوزه و ایجاد ساختاری منظم برای مبارزه با حکومت پهلوی شکل دادد که مرحوم مصباح یزدی نیز جزو آنان بود. در سال ۱۳۴۶ آیت‌الله مصباح یزدی به دعوت آیت‌الله بهشتی به مدرسه علمیه حقانی رفت و بخشی از مدیریت آن مجموعه را به عهده گرفت. این همکاری ادامه داشت تا اینکه در ۱۳۵۳جنجال بین طرفداران و مخالفان شریعتی در این مدرسه جدی شد.
آیت‌الله مصباح و گروهی از طلاب، مخالف شریعتی بودند و برداشت‌های وی از اسلام را انحرافی می‌دانستند. این اختلافات باعث شد شهید قدوسی به عنوان مدیر مدرسه حقانی تعدادی از موافقان و مخالفان را از مدرسه اخراج کند و علامه مصباح نیز مدرسه حقانی را ترک کرد.
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نیز با تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی، آیت‌الله مصباح یزدی به عضویت آن درآمده و به‌منظور اسلامی‌سازی متون درسی دانشگاه‌ها، دفتر همکاری‌های حوزه و دانشگاه تاسیس شد که او از فعالان اصلی این دفتر بود. وی همچنین در دوره‌های دوم مجلس خبرگان رهبری نماینده مردم خوزستان، در دوره سوم و چهارم نماینده مردم تهران در آن مجلس بود.
همچنین با تشکیل بخش آموزش مؤسسه در راه حق، وی برای همکاری به این موسسه دعوت شد. این مؤسسه در راستای پاسخگویی به شبهات دینی تأسیس شده بود و بخش آموزشی آن با پذیرش تعدادی از طلاب کار خود را آغاز کرد و چند دوره آموزشی در این زمینه برگزار کرد. با توسعه فعالیت‌های بخش آموزش مؤسسه در راه حق، این برنامه‌ها توسعه پیدا کرد و به تأسیس «بنیاد فرهنگی باقرالعلوم(ع)» انجامید که توسط آیت‌الله مصباح اداره می‌شد.
علامه مصباح در سال ۱۳۶0 و با اوج‌گیری فعالیت گروه‌های مارکسیستی، در مناظره‌ای که با حضور احسان طبری، فرخ نگهدار و عبدالکریم سروش برگزار شده و به نقد دیدگاه‌های مارکسیستی پرداخت. گفتنی است که کتاب شش جلدی «پاسداری از سنگرهای ایدئولوژیک» حاصل نقدهای وی بر اندیشه‌های مارکسیستی است که جلد اول آن در سال ۱۳۶۰ش و پنج جلد دیگر در سال‌های بعد منتشر شد. آیت‌الله مصباح همچنین پس از ۲ خرداد ۱۳۷۶ نیز در مناظره‌ای تلویزیونی با محمدجواد حجتی کرمانی به نقد سیاست‌های فرهنگی دولت وقت پرداخت که بازتاب وسیعی در مجامع سیاسی و فرهنگی داشت.
وی همچنین در سال ۱۳۷۴ مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی را با هدف تبیین و به‌کارگیری معارف اسلامی در رشته‌های مختلف علوم انسانی و تربیت پژوهشگر در معارف اسلامی و علوم انسانی پایه‌گذاری کرد تا زمان فوت، مدیریت آن را برعهده داشتند.
گرچه علامه مصباح یزدی در حوزه‌های مختلف اندیشه دینی تالیفات متعددی داشت اما با بررسی نظام فکری وی می‌توان مهم‌ترین ابعاد ان را برشناخت. غیریت‌سازی با فرهنگ غربی، نفی قرائت‌های متعدد از دین، مرجعیت روحانیت در دین‌شناسی و دفاع از ولایت مطلقه فقیه از جمله ابعاد این نظام فکری است.
از دید وی، دین مجموعه‌ای فراگیر از دستورات و احکام است که دنیا و آخرت انسان را دربرمی‌گیرد و همه ابعاد زندگی فردی و اجتماعی انسان را در پوشش خود قرار می‌دهد. از نظر او دین جهت ارزشی پدیده‌ها را مشخص می‌کند؛ یعنی ارزش‌یابی و بیان کیفیت استفاده از آنها برای زندگی در جهت سعادت وظیفه دین است اما کیفیت پیدایش آنها را علم بیان می‌کند.
آیت‌الله مصباح، پذیرش یا سازش با فرهنگ غربی را به عنوان فرهنگ کفر والحاد رد می‌کرد. هرچند که به ضروت استفاده از تکنولوژی مدرن باور داشت اما از نگاه او اومانیسم، سکولاریسم و لیبرالیسم عناصر اصلی فرهنگ کفر و الحاد است و در برابر آن خدامحوری، اصالت دین و ولایت‌فقیه و محدود بودن قانونی فعالیت انسان در دایره اطاعت از خدا عناصر اصلی تفکر اسلامی است.
از نگاه علامه مصباح، قرائت‌های متعدد از دین قابل پذیرش نبوده و احکام و گزاره‌های دینی روشن و واضح‌اند و فهم آنها نیاز به تفسیر و توجیهات علمی ندارد و نظریه‌پردازی روشنفکران در حوزه دین اشتباه بوده و تنها دیدگاه و تفسیر علما معتبر است.
شاید بتوان مهم‌ترین بخش زندگی سیاسی علامه مصباح را بعد از دوم خرداد 76 دانست که به مقابله عملی با جریان استحاله پرداخت. بسیاری از اصلاح‌طلبان که توان مناظره و مواجهه علمی با ایشان را نداشتند، از در تخریب و تمسخر وارد شده و سعی کردند شخصیت وی را ترور کنند. اصلاح‌طلبان سعی کردند با تشکیک‌آفرینی در سابقه مبارزات وی در دوره شاهنشاهی، ایشان را فردی غیرمرتبط با انقلاب اسلامی معرفی کرده و از اعتبار سخنانش بکاهند. به عنوان مثال علی حکمت سردبیر روزنامه خرداد نوشت: «بر جناب آقای مصباح یزدی و موضع نرم و ملایم و مؤدبانه‌ی ایشان در دوران حکومت ضداسلامی شاه ایرادی نیست. شاید در آن دوران، اجتهاد و استنباط ایشان این بوده است که فقط باید مطالعه و تحقیق کرد و باید از منازعات دنیوی برکنار ماند». همچنین عبایی خراسانی نیز آیت‌الله مصباح را رفیق نیمه‌راه انقلاب معرفی کرده و سید علی‌اکبر محتشمی‌پور نیز در ضمن مقاله مفصلی مدعی شد که آیت‌الله مصباح با نهضت و انقلاب و قیام ملت و امام نظر موافق نداشته و همراه نبوده است.
در مقابل افرادی همچون محمدجواد حجتی‌کرمانی که اختلافات فکری و سیاسی بسیاری با علامه مصباح داشت، در واکنش به این هجمه‌ها گفت: «به خدمات ایشان واقفم و می‌دانم آقای مصباح و برادرم علی آقای حجتی و آقای خسروشاهی و آقای هاشمی رفسنجانی و آقای دعایی در قم به نشر «بعثت» و «انتقام» و نیز پخش اعلامیه‌های امام و مراجع می‌پرداختند. من آقای مصباح را همچون شهید بهشتی، شهید مطهری، شهید باهنر و بسیاری دیگر از بزرگواران در پشت جبهه‌ی مبارزه حاضر می‌دیدم و وقتی کسانی چون مرحوم آیت‌الله ربانی شیرازی، آیت‌الله منتظری، مرحوم آیت‌الله شهید سعیدی در صحنه‌ی مبارزه به‌صورت علنی وارد می‌شدند، امثال شهید بهشتی و شهید مطهری و آقای مصباح پشتیبانان جدی نهضت امام خمینی در پشت صحنه بودند و گاهی هم علنی می‌شدند».
اصلاح‌طلبان علاوه بر اینکه وی را متهم به انقلابی نبودن کردند، او را حجتیه‌ای دانسته و مدعی شدند که در سال‌های جنگ نیز همراهی با انقلاب و رزمندگان نداشت. محتشمی‌پور را باید جزو نخستین کسانی دانست که این ادعا را علنی کرد. منتجب‌نیا نیز آیت‌الله مصباح را به تلاش برای نگارش کتابی علیه حکومت اسلامی متهم کرد. مهدی کروبی نیز پس از عدم موفقیت در نهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری در سال 84 در مصاحبه با روزنامه شرق گفت: «پرسیدم از آقای مصباح اصلاً خبری نیست...، آقای هاشمی گفت: آقای مصباح به‌کلی از حرکت نظام و انقلاب و مبارزه برگشته است». این ادعا در حالی است که در کتاب‌های خاطرات مرحوم هاشمی رفسنجانی هیچ اشاره‌ای به چنین دیداری نشده است!
همچنین آیت‌الله رضا استادی در پاسخ به ادعای سیدحسین موسوی تبریزی که علامه مصباح برخلاف نظر امام در نیمه شعبان سال 1357 جشن برگزار کرده است، در یادداشتی با عنوان "کم‌حافظگی و دروغ" در سال 78 در روزنامه رسالت نوشت: «در سال 57ـ56 مؤسسه در راه حق در دست ساخت بود و کارهای فرهنگی آن مرکز در یک خانه قدیمی در کوچه‌ای تنگ که اصلاً مناسب با جشن نبود، انجام می‌گرفت که در همان خانه، برخی از اساتید و بزرگان حوزه و حامی انقلاب حاضر می‌شدند و مؤسسه در راه حق را به خاطر برنامه‌های سازنده‌اش مورد تقدیر و تشویق قرار می‌دادند و حتی تا بدو پیروزی انقلاب هم هنوز ساختمان مؤسسه آماده نشده بود».
گفتنی است که برخلاف ادعای اصلاح‌طلبان، مؤسسه در راه حق آن‌قدر مورد توجه حضرت امام بود که از بدو پیروزی انقلاب تا رحلتشان تمام هزینه‌های برنامه‌های آموزشی آیت‌الله مصباح را مرحمت می‌کردند!
شاید رابطه میان علامه مصباح یزدی و محمود احمدی‌نژاد را بتوان مهم‌ترین دوره زندگی سیاسی این فیلسوف انقلابی دانست. در آستانه نهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری ، آیت‌الله مصباح به بیان سخنانی در خصوص انتخابات و رئیس‌جمهور منتخب آینده پرداخت. او در سخنانی عنوان کرد که شناخت و رأی دادن به اصلح یک تکلیف است. او همچنین گفت: «اصلح کسی است که دلش بیشتر برای دین بسوزد» و در سخنانی دیگر بیان کرد: «رئیس‌جمهور رجائی‌گونه انتخاب کنید».
وی در آن مقطع تنها به بیان ملاک‌ها و اموری که به انتخاب اصلح منتهی می‌شود، بسنده کرد و هرگونه حمایت از شخص خاصی را رد کرد. اما هرچه تبلیغات انتخاباتی به روز رأی‌گیری نزدیک‌تر می‌شد، آیت‌الله مصباح نیز با توجه به آشنایی احمدی‌نژاد از ادبیاتی دینی‌تر در تبلیغات انتخاباتی خود، به حمایت ضمنی از وی پرداخت.
آیت‌الله مصباح در دوره نخست دولت احمدی‌نژاد و تا سال 88 از حامیان وی بود، اما به‌تدریج با پدیدار شدن جریان انحرافی در دولت و قدرت گرفتن اسفندیار رحیم‌مشایی از جمله سیدمحمود نبویان به جدی‌ترین منتقدان احمدی‌نژاد و جریان انحرافی تبدیل شدند. وی در همین خصوص و در سخنانی گفت: «اقدامات احمدی‌نژاد را تأیید نمی‌کنم و در او یک حالت انحرافی می‌بینم».
در اواخر دولت دهم نیز ایشان به صراحت از انحراف احمدی‌نژاد و سحر او توسط مشایی سخن گفت و برای اولین لفظ «جریان انحرافی» را برای توصیف حرکت خزنده این گروه در عرصه دینی و اعتقادی به کار برد. علامه مصباح برخلاف بسیاری از سیاسیون و روحانیونی که با توجه به شرایط روز، مواضعی مختلفی را اتخاذ می‌کنند، تا پایان عمر اصول ثابتی برای امر سیاسی خود داشت که با صداقت از آنها سخن گفته و دفاع کرد.